En 1994, il commence à travailler pour Marvel Comics, où il prend en main la série Hellstorm. Plus tard, il travailla sur Excalibur, un comics dont l'action se déroule principalement en Grande-Bretagne. Il travailla ensuite pour DC Comics, Caliber Comics et surtout pour Wildstorm, alors dans le giron d’Image Comics, où il écrivit DV8, une mini-série dérivée de Gen 13 et prit en main Stormwatch.
En 1997, Ellis commença sa série en creator-owned, Transmetropolitan - histoire d’un acerbe journaliste "gonzo" dans des États-Unis futuristes – avec le dessinateur Darick Robertson sous le label Helix de DC. Quand Helix cessa d’exister, l’année suivante, Transmetropolitan fut transféré dans le label Vertigo et devint l’un des comics sans super-héros publié par DC ayant le plus de succès. 1999 vit le lancement de Planetary, une autre série Wildstorm par Ellis et John Cassaday, ainsi qu’une courte participation d’Ellis à la série Hellblazer de DC/Vertigo.
2004 vit le retour d’Ellis au comics de super-héros grand public. Il prit en main Ultimate Fantastic Four et Iron Man, pour Marvel, avec laquelle il signa un contrat d’exclusivité pour les travaux de commande.
Texte © Delcourt